Suoluonnon muutosten takia monet soiden luontotyypit ovat uhanalaistuneet. Vuonna 2018 valmistuneessa Suomen luontotyyppien uhanalaisuuden arvioinnissa suoluontoa tarkasteltiin ja arvioitiin kahdella hierarkiatasolla. Yhtäältä tarkasteltiin suokasviyhteisöjä, joita voidaan luokitella suotyypeiksi. Toisaalta tarkasteltiin useiden suotyyppien muodostamia laajempia suokokonaisuuksia eli suoyhdistymiä sekä useista erillisistä suolaikuista muodostuvia maankohoamisrannikon soiden kehityssarjoja (Kaakinen ym. 2018a, b). Soiden luokiteltuja kasviyhteisöjä kutsutaan suotyypeiksi (Eurola ym. 2015, Kaakinen ym. 2018b, Laine ym. 2018). Yhdellä suolla on yleensä useiden, jopa kymmenien eri suotyyppien kasvillisuutta. Suokasviyhteisöjen pääryhmiksi katsotaan kasvitieteellisessä suoluokittelussa korvet, rämeet, nevat ja letot, mutta myös luhtaja lähdekasvillisuus (Eurola & Kaakinen 1978, Eurola ym. 2015, ks. Soiden kasvillisuus). Luhdat ja lähteiköt vaihettuvat ilman selvää rajaa vesiluontotyyppeihin. Luontotyyppien uhanalaisuusarvioinnissa lähteikköluontotyypit on käsitelty ja arvioitu sisävesiluontotyyppien yhteydessä (Lammi ym. 2018). Luhdat ja lähdekasvillisuus mainitaan myös uusimmissa metsätieteellisissä suotyyppioppaissa (esim. Laine ym. 2018). Eri päätyyppiryhmiin kuuluva suokasvillisuus muodostaa myös yhdistelmätyyppejä: neva- ja lettokorpia sekä neva- ja lettorämeitä. Suoyhdistymä on yhtenäinen suoalue, jossa on eri suotyypeistä koostuvia osia (Ruuhijärvi 1960, Eurola 1962, Kaakinen ym. 2018b). Suoyhdistymätyypit jakautuvat ilmastollisiin ja paikallisiin tyyppeihin. Ilmastollisista suoyhdistymätyypeistä keidassoiden eli kohosoiden esiintyminen painottuu eteläisen Suomen muuta Suomea kuivempaan ja lämpimämpään ilmastoon, kun taas aapasoiden esiintyminen painottuu pohjoisen Suomen kosteaan ja viileään ilmastoon (Ruuhijärvi 1960, Eurola 1962). Myös rinnesuot vaativat viileän ja kostean ilmaston (Havas 1961), ja palsasoita esiintyy vain pohjoisimmassa Lapissa, missä on tarpeeksi kylmää paikallisen ikiroudan syntymiselle (Kaakinen ym. 2018b). Paikallisia suoyhdistymätyyppejä ovat rannikkosuot, boreaaliset piensuot ja tunturisuot, joiden ominaispiirteet ja esiintyminen riippuvat enemmän paikallisista olosuhteista kuin ilmastosta (Kaakinen ym. 2018b). Maankohoamisrannikon soiden kehityssarjoja syntyy, kun maata kohoaa Pohjanlahden rannikolla vähitellen merenpinnan yläpuolelle (Rehell ym. 2012, Laitinen 2013). Sarjan nuorimmat suot lähinnä meren rantaa ovat tyypillisesti luhtia ja vanhimmat suot ovat kehittyneet aapa- tai keidassoiksi (Kaakinen ym. 2018b).
Suot ovat hyvin monimuotoisia elinympäristöjä (ks. Soiden kasvillisuus, s. 141). Niillä vaihtelevat sekä märkyys että ravinteisuus ja niiden seurauksena myös avoimuus ja puustoisuus. Lisäksi suurilmastollisten erojen vuoksi suot ovat erilaisia Etelä- ja Pohjois-Suomessa. Ojitus hävittää useimmat luonnontilaisten soiden piirteet hyvin tehokkaasti, mutta jopa korostaa joitain piirteitä. Ojitus on myös keskittynyt erityisesti reheville sekä puustoisille soille ja toisaalta Etelä- ja Keski- Suomeen (ks. Soiden käyttö Suomessa, s. 115, ja Suoluontotyyppien uhanalaisuus, s. 149). Kun vielä erilaisille eliölajiryhmille hyvin erilaiset elinympäristön ominaisuudet ovat tärkeitä, soiden ja niiden ojituksen merkitys eliölajeille ja niiden uhanalaisuudelle riippuu voimakkaasti tarkasteltavasta lajiryhmästä (Aapala 2001b). Ojituksen yleinen vaikutus on, että se samankaltaistaa soita ja siksi hävittää suoluonnolle ominaista monimuotoisuutta.
Luonnontilaisten (ojittamattomien) soiden ja eri tarkoituksiin käytettyjen ojitettujen soiden maaperän kasvihuonekaasupäästöt poikkeavat huomattavasti toisistaan. Ojittamattomat suot kerryttävät turvetta ja ovat hiilidioksidin nieluja, mutta toisaalta myös metaanin lähteitä. Ojitetuilla soilla metaanipäästö on pieni, mutta hapellisen hajotustoiminnan kiihtyminen johtaa yleensä turpeen hävikkiin. Tällöin soista tulee hiilidioksidin ja typpioksiduulin lähteitä. Päästöjen suuruuteen vaikuttavat voimakkaasti maankäyttömuoto ja kuivatuksen tehokkuus. Seuraavassa tarkastellaan soiden eri maankäyttömuotojen pinta-alakohtaisia kasvihuonekaasupäästöjä pääasiassa Suomesta kerättyjen julkaistujen aineistojen perusteella. Eri maankäyttömuotoja verrataan keskenään. Lisäksi tarkastellaan, miten ojitettujen soiden päästöt eroavat saman maankäyttömuodon kivennäismaiden päästöistä. Ojituksen vaikutuksia tarkastellaan vertaamalla ojitettua suota ojittamattomaan. Ojittamattomat suot eivät välttämättä ole luonnontilaisia, vaan ihmisen toiminta – vähiten marjanpoiminta, metsästys ja muu ulkoilu, merkittävimmin sarojen korjuu rehuksi aikoinaan ja metsätalous nykyään – on vaikuttanut niihinkin. Niin kauan kuin suon käyttö ei vaikuta merkittävästi sen hydrologiaan, ojittamattoman suon maaperä on kuitenkin aineiden kierroltaan luonnontilaisen kaltainen. Niinpä ojittamaton ja luonnontilainen suo ovat maaperän kasvihuonekaasupäästöjen kannalta seuraavassa käytännössä synonyymejä. Jos kuitenkin läheisyydessä tehty ojitus muuttaa ojittamattoman suon tai suonosan hydrologiaa, maaperän kaasupäästötkin voivat muuttua. Jos taas suo on käytännössä ojitettu – esimerkiksi ojitusmätästyksellä päätehakkuun jälkeen – vaikka se ei olisikaan ”virallisesti” ojitettu suo, se on yhtä kaikki ojitettu.
Metsäojitettu suo on ilmastovaikutuksiltaan monella tapaa erilainen kuin maatalouteen tai turpeennostoon ojitettu suo. Muissa käyttömuodoissa turpeen nopea hävikki johtaa suuriin hiilidioksidi- ja typpioksiduulipäästöihin (Ojanen ym. 2020). Metsäojitetulla suolla turpeen hävikki on selvästi hitaampaa kuin pelloilla tai turpeennostoalueilla. Metsäojitetuilla soilla myös kasvavan puuston hiilinielu voi olla yhtä suuri tai suurempi kuin turpeen hiilen hävikki. Puuston hiilivaraston muutokset eivät myöskään ole samankaltaisia vuodesta toiseen, vaan vaihtelevat voimakkaasti puuston kasvusta ja hakkuista riippuen. Metsänhoitotoimenpiteitä ja hakkuita tehdään vain kymmenien vuosien välein, joten niiden vaikutus ei ole mukana maaperän vuotuisten päästöjen arvioissa, vaan ne täytyy käsitellä erikseen. Maataloudessa ja turpeennostossa samat toimenpiteet toistuvat vuosittain, joten niiden vaikutukset sisältyvät yleensä maaperän päästöarvioihin. Oman lisänsä metsäojitetun suon ilmastovaikutusten arviointiin tuo se, että ojien lisäksi puuston maaperästä haihduttamalla ja sateesta latvuksiinsa pidättämällä vedellä on merkittävä vaikutus pohjavedenpinnan syvyyteen ja sitä kautta turpeen hävikkiin. Puusto vaikuttaa myös suon säteily- ja energiataseeseen ja on merkittävä haihtuvien orgaanisten aineiden lähde.
Viime vuosina julkaistujen tutkimusten mukaan metsäojitettujen soiden vesistökuormituksen epäillään olevan moninkertaisesti aiemmin arvioitua suurempaa. Syynä tähän on se, että kuormitusta syntyy aiemmista käsityksistä poiketen silloinkin, kun ojitusalueilla ei ole vuosikausiin tehty mitään toimenpiteitä. Tässä työssä arvioitiin metsäojitusalueilta syntyvä vesistökuormitus ottamalla huomioon sekä tämä nykyisistä metsätaloustoimenpiteistä riippumaton ”ojituslisä” että kunnostusojituksen, lannoituksen ja hakkuiden aiheuttama kuormitus. Tehdyn arvion mukaan metsätaloudesta ojitetuilla soilla syntyy Suomessa vuosittain typpikuormitusta noin 8 500 Mg ja fosforikuormitusta 590 Mg. Kun ojituslisä otetaan huomioon, typpikuormitus on noin 18-kertainen ja fosforikuormitus 6–7-kertainen aiempiin vain eri toimenpiteiden kuormitukset huomioon ottaviin arvioihin verrattuna. Vesiensuojelun kannalta oleellista olisi selvittää, mitkä tekijät ojitusalueilla aiheuttavat ojituslisän muodossa tapahtuvaa pysyvää kuormitusta ja mitä tämän kuormituksen torjumiseksi on tehtävissä.
Suoluonto on hyvin vaihtelevaa, koska suolla vaihtelevat märkyys ja ravinteisuus ja niiden seurauksena myös puustoisuus. Suoluonnon tärkein säätelijä on märkyys – lähellä maanpintaa oleva vedenpinta. Vaikka kaikki suot ovat märkiä, suon märkyys myös vaihtelee paljon. Kuivimmillaan suo muistuttaa kivennäismaan metsää, ja usein suo vaihettuukin saumattomasti ympäröiväksi metsäksi. Märimmillään suo muistuttaa jo matalaa vesistöä ja vaihettuu rantakosteikoihin ja vesistöihin. Suo voi olla ravinteisuudeltaan rehevä tai karu. Rehevässä ääripäässä suolle valuu ravinteikasta vettä ympäristöstä tai kasvillisuus saa ohuen turvekerroksen läpi ravinteita ravinteikkaasta kivennäismaasta. Karussa ääripäässä turvetta on kertynyt niin paksu kerros, että kasvien juuret eivät yllä ottamaan ravinteita alla olevasta kivennäismaasta. Myöskään ympäristöstä ei valu ravinteikasta vettä suon reunaa korkeammaksi kohonneelle suon keskiosalle, ja kasvillisuus on sadeveden mukana tulevien ravinteiden varassa. Lisäksi turpeen kertyminen ja suon läpi virtaavan veden väheneminen happamoittavat turvetta, mikä vaikeuttaa kasvien ravinteiden ottoa. Ravinteisuuden ja märkyyden lisäksi aluskasvillisuuden kasvuoloihin vaikuttaa valon määrä, jota säätelee puuston varjostus. Runsaspuustoisimmat suot ovat varjoisia ja reheviä kuusi- ja lehtipuuvaltaisia korpia tai karumpia mäntyvaltaisia rämeitä. Mitä märempi ja karumpi suo on, sitä vähäisempää puusto on. Märimmät suot ovat ravinteisuudesta riippumatta puuttomia lettoja ja nevoja. Karuimmilla puustoisilla soilla kasvaa niin kitukasvuinen ja harva männikkö, ettei se käytännössä varjosta aluskasvillisuutta. Ojitus vähentää suoluonnon vaihtelua. Kun suo ojitetaan metsätaloutta varten, märkyyden vaihtelu vähenee ja jäljelle jää ravinteisuuden vaihtelu. Tällöin suo alkaa kehittyä aluskasvillisuudeltaan kivennäismaan metsää muistuttavaksi turvekankaaksi. Myös metsänhoito ja hakkuut muuttavat kasvillisuutta. Jos suo raivataan maataloutta varten, kuivatuksen lisäksi suo muokataan viljelyyn sopivaksi kalkituksin ja lannoituksin ja suokasvillisuus raivataan viljelykasvien tieltä. Turpeennostoa varten suo raivataan kasvittomaksi turvekentäksi.